Sai sót GTGT dễ bị truy thu nhất trong năm 2026

1. Sai thuế suất GTGT (0% – 5% – 10%)

Sai thuế suất GTGT là một trong những lỗi bị truy thu nhiều nhất khi cơ quan thuế thanh tra, do ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế GTGT đầu ra phải nộp. Chỉ cần áp sai mức thuế suất, doanh nghiệp có thể bị xác định là kê khai thiếu thuế, dù không có mục đích trốn thuế.

Lỗi này thường phát sinh khi doanh nghiệp xác định không đúng bản chất hàng hóa, dịch vụ, dẫn đến áp dụng nhầm giữa các mức thuế suất 0%, 5% và 10%. Ví dụ, cùng là dịch vụ cung cấp cho đối tác nước ngoài nhưng không đáp ứng đầy đủ điều kiện áp dụng thuế suất 0%, vẫn kê khai 0% thay vì 10%.

Hệ quả phổ biến của việc sai thuế suất là:

• Thiếu thuế GTGT đầu ra so với quy định

• Bị truy thu phần chênh lệch thuế

• Phát sinh tiền chậm nộp tính từ thời điểm kê khai sai

Trong thực tế kiểm tra, cơ quan thuế thường không xem xét yếu tố “nhầm lẫn”, mà căn cứ hoàn toàn vào quy định thuế suất tương ứng với từng loại giao dịch. Do đó, chỉ một hóa đơn áp sai thuế suất cũng có thể trở thành căn cứ để mở rộng phạm vi thanh tra toàn bộ kỳ thuế liên quan.

2. Bỏ sót hóa đơn đầu ra

Bỏ sót hóa đơn đầu ra là lỗi rất dễ bị phát hiện trong bối cảnh quản lý thuế hiện nay, đặc biệt khi toàn bộ doanh nghiệp đã sử dụng hóa đơn điện tử. Dù không cố ý, việc có doanh thu nhưng không kê khai thuế GTGT đầu ra tương ứng vẫn bị xem là kê khai thiếu thuế.

Sai sót này thường xảy ra trong các trường hợp:

• Đã lập hóa đơn nhưng kế toán không đưa vào tờ khai GTGT

• Doanh thu phát sinh cuối kỳ nhưng bị bỏ sót khi tổng hợp số liệu

• Hóa đơn đã phát hành nhưng chưa hạch toán, chưa kê khai kịp thời

Cơ quan thuế có thể phát hiện lỗi này thông qua việc đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử trên hệ thống với tờ khai thuế GTGT. Khi số lượng hóa đơn phát hành không khớp với doanh thu đã kê khai, doanh nghiệp gần như không có cơ hội giải trình theo hướng “nhầm lẫn kỹ thuật”.

Hệ quả của việc bỏ sót hóa đơn đầu ra thường là:

• Bị truy thu toàn bộ thuế GTGT đầu ra của hóa đơn chưa kê khai

• Phát sinh tiền chậm nộp tính từ kỳ phát sinh hóa đơn

• Có thể bị đánh giá rủi ro cao cho các kỳ thanh tra tiếp theo

Lỗi bỏ sót hóa đơn đầu ra không nằm ở nghiệp vụ phức tạp, mà chủ yếu đến từ quy trình kiểm soát doanh thu chưa chặt chẽ. Đây cũng là lý do sai sót này xuất hiện rất phổ biến khi doanh nghiệp bị thanh tra thuế.

3. Kê khai sai kỳ thuế

Kê khai sai kỳ thuế GTGT là lỗi doanh nghiệp thường đánh giá thấp mức độ rủi ro, nhưng trên thực tế lại rất dễ bị cơ quan thuế yêu cầu điều chỉnh khi thanh tra. Lỗi này xảy ra khi hóa đơn đã phát sinh hợp lệ nhưng được kê khai không đúng kỳ thuế theo quy định.

Trường hợp phổ biến nhất là:

• Hóa đơn của kỳ này nhưng kê khai sang kỳ sau

• Dồn hóa đơn nhiều tháng để kê khai một lần

• Điều chỉnh số liệu giữa các kỳ mà không thực hiện đúng thủ tục khai bổ sung

Về bản chất, kê khai sai kỳ không làm thay đổi tổng số thuế phải nộp, nhưng lại làm sai lệch nghĩa vụ thuế theo từng kỳ. Khi cơ quan thuế rà soát, các hóa đơn kê khai lệch kỳ sẽ bị điều chỉnh lại về đúng thời điểm phát sinh, kéo theo việc tính tiền chậm nộp cho phần thuế đáng lẽ phải nộp sớm hơn.

Trong quá trình kiểm tra, cơ quan thuế thường đối chiếu:

• Ngày lập hóa đơn

• Kỳ kê khai GTGT

• Thời điểm ghi nhận nghĩa vụ thuế

Chỉ cần phát hiện sự không thống nhất giữa các yếu tố này, doanh nghiệp sẽ bị yêu cầu lập hồ sơ điều chỉnh và nộp bổ sung, kể cả khi không có dấu hiệu trốn thuế.

4. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào sai điều kiện

Khấu trừ thuế GTGT đầu vào sai điều kiện là lỗi rất thường gặp khi thanh tra thuế, đặc biệt ở các doanh nghiệp có nhiều khoản chi phí phát sinh. Nguyên nhân chính không nằm ở việc thiếu hóa đơn, mà ở chỗ hóa đơn có nhưng không đủ điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT.

Sai sót này thường xuất hiện khi doanh nghiệp khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho các khoản chi:

• Không phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT

• Phục vụ đồng thời hoạt động chịu thuế và không chịu thuế nhưng không phân bổ đúng

• Có hóa đơn nhưng không đáp ứng điều kiện về thanh toán, chứng từ theo quy định

Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế không chỉ kiểm tra hóa đơn, mà còn xem xét mục đích sử dụng thực tế của khoản chi. Nếu không chứng minh được mối liên hệ giữa chi phí đó với hoạt động chịu thuế GTGT, phần thuế đầu vào đã khấu trừ sẽ bị loại khỏi chi phí khấu trừ.

Hệ quả thường gặp là:

• Bị loại toàn bộ hoặc một phần thuế GTGT đầu vào

• Phải nộp lại số thuế đã khấu trừ sai

• Phát sinh tiền chậm nộp tính từ kỳ kê khai ban đầu

Đây là nhóm sai sót mang tính “hậu kiểm”, nghĩa là chỉ bộc lộ khi doanh nghiệp bị kiểm tra, chứ không thể phát hiện ngay trên tờ khai thuế. Vì vậy, rủi ro truy thu thường lớn và khó xử lý khi đã qua nhiều kỳ.

5. Hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp rủi ro

Hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp rủi ro là một trong những nguyên nhân khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế GTGT dù giao dịch đã thực tế phát sinh. Trong các cuộc thanh tra, cơ quan thuế không chỉ kiểm tra hóa đơn hợp lệ về hình thức, mà còn đánh giá mức độ tin cậy của bên bán.

Nhà cung cấp bị xem là rủi ro khi thuộc các trường hợp như:

• Doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh

• Đã ngừng hoạt động, chấm dứt mã số thuế

• Bị đưa vào danh sách cảnh báo rủi ro về hóa đơn

Khi phát hiện hóa đơn đầu vào phát sinh từ các đơn vị này, cơ quan thuế thường yêu cầu doanh nghiệp mua hàng chứng minh giao dịch là có thật. Nếu không cung cấp được đầy đủ tài liệu chứng minh, hóa đơn đó có thể bị đánh giá là không đủ căn cứ để khấu trừ thuế GTGT.

Hệ quả phổ biến gồm:

• Bị loại thuế GTGT đầu vào đã kê khai khấu trừ

• Phải nộp lại số thuế tương ứng

• Bị xếp vào nhóm doanh nghiệp có rủi ro cao về hóa đơn

Điểm khó của sai sót này là doanh nghiệp thường không kiểm soát được tình trạng pháp lý của nhà cung cấp tại thời điểm thanh tra, trong khi nghĩa vụ chứng minh lại thuộc về bên mua. Do đó, chỉ một vài hóa đơn từ nhà cung cấp rủi ro cũng có thể kéo theo truy thu lớn cho nhiều kỳ thuế.

6. Sai sót xử lý hóa đơn điện tử

Sai sót trong xử lý hóa đơn điện tử là nhóm lỗi ngày càng bị cơ quan thuế kiểm tra kỹ, do toàn bộ dữ liệu hóa đơn đã được kết nối trực tiếp với hệ thống quản lý thuế. Không ít doanh nghiệp có hóa đơn phát sinh hợp lệ, nhưng lại xử lý sai quy trình khi có sai sót, dẫn đến dữ liệu không thống nhất trên hệ thống.

Các lỗi thường gặp trong nhóm này gồm:

• Điều chỉnh, thay thế hoặc hủy hóa đơn không đúng quy định

• Lập hóa đơn mới nhưng không liên kết đúng với hóa đơn gốc

• Dữ liệu hóa đơn đã xử lý nhưng không khớp giữa phần mềm kế toán và hệ thống thuế

Khi thanh tra, cơ quan thuế không chỉ xem xét nội dung kinh tế của giao dịch, mà còn đối chiếu lịch sử xử lý hóa đơn điện tử. Nếu phát hiện việc xử lý sai quy trình, hóa đơn đó có thể bị đánh giá là không hợp lệ về mặt dữ liệu, dù giao dịch thực tế là có thật.

Hệ quả có thể phát sinh là:

• Hóa đơn bị loại khỏi hồ sơ kê khai

• Phải điều chỉnh lại nghĩa vụ thuế GTGT

• Phát sinh tiền chậm nộp do sai lệch số liệu giữa các kỳ

Đặc thù của sai sót này nằm ở chỗ lỗi phát sinh trên hệ thống, không dễ nhận biết nếu chỉ kiểm tra chứng từ giấy hoặc bản PDF. Vì vậy, đây là rủi ro phổ biến đối với doanh nghiệp chưa chuẩn hóa quy trình xử lý hóa đơn điện tử.

7. Thiếu hồ sơ, chứng từ giải trình

Thiếu hồ sơ, chứng từ giải trình là sai sót khiến nhiều doanh nghiệp bị truy thu thuế GTGT dù số liệu kê khai không sai. Trong thanh tra thuế, hóa đơn chỉ là một phần; yếu tố quyết định còn nằm ở bộ hồ sơ chứng minh tính hợp lệ và thực tế của giao dịch.

Sai sót này thường phát sinh khi doanh nghiệp:

• Có hóa đơn nhưng không lưu trữ đầy đủ hợp đồng, phụ lục

• Thiếu biên bản nghiệm thu, bàn giao, thanh lý

• Không có hoặc không cung cấp được chứng từ thanh toán phù hợp

Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, nếu doanh nghiệp không xuất trình được hồ sơ chứng minh, giao dịch có thể bị đánh giá là không đủ căn cứ pháp lý, dẫn đến việc loại thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ hoặc điều chỉnh lại nghĩa vụ thuế.

Hệ quả thường gặp gồm:

• Bị loại quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Phải nộp lại số thuế đã kê khai

• Phát sinh tiền chậm nộp do điều chỉnh sau thanh tra

Điểm rủi ro lớn nhất của sai sót này là doanh nghiệp không nhận ra vấn đề cho đến khi bị kiểm tra. Việc thiếu hồ sơ thường xuất phát từ quá trình lưu trữ không đầy đủ hoặc thay đổi nhân sự kế toán, nhưng hậu quả lại chỉ phát sinh ở giai đoạn hậu kiểm.

8. Không khai bổ sung kịp thời khi phát hiện sai sót

Không khai bổ sung kịp thời khi đã phát hiện sai sót là lỗi khiến mức độ xử phạt tăng lên đáng kể, dù bản chất sai phạm ban đầu có thể không nghiêm trọng. Trong quản lý thuế, thời điểm xử lý sai sót đóng vai trò rất quan trọng trong việc xác định trách nhiệm và chế tài.

Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp:

• Đã biết tờ khai có sai nhưng chưa điều chỉnh ngay

• Chờ “kỳ sau xử lý” hoặc để dồn nhiều lỗi mới khai bổ sung

• Không đánh giá đúng rủi ro khi để sai sót kéo dài qua nhiều kỳ

Khi cơ quan thuế phát hiện sai sót trước doanh nghiệp, việc điều chỉnh không còn được xem là chủ động khắc phục, mà trở thành xử lý sau thanh tra. Khi đó, doanh nghiệp không chỉ bị truy thu phần thuế thiếu, mà còn phải chịu phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp tính cho toàn bộ thời gian tồn tại của sai sót.

Hệ quả thường thấy là:

• Tăng tổng số tiền phải nộp so với việc tự khai bổ sung sớm

• Mất quyền được xem xét tình tiết giảm nhẹ

• Bị đánh giá là không tuân thủ tốt nghĩa vụ thuế

Sai sót này không phát sinh từ nghiệp vụ kế toán phức tạp, mà từ tâm lý chần chừ trong xử lý sai phạm. Trong bối cảnh thanh tra thuế ngày càng dựa nhiều vào dữ liệu và đối chiếu hệ thống, việc không khai bổ sung kịp thời là rủi ro mà doanh nghiệp hoàn toàn có thể tránh được nếu chủ động.